Su padre era ferroviario. Nació en Busdongo de Arbas, provincia de Leon. Cuando tenía catorce años se fue a vivir a La Coruña debido a que su padre fue trasladado.
Tiene una hermana llamada Josefa, consejera de Inditex, y un hermano mayor Antonio, ya fallecido.
Se casó con Rosalía Mera en los años 60 y tuvo dos hijos con ella: Sandra y Marcos, este último nacido con una grave discapacidad congénita. Esta pareja acabó divorciándose en 1986. Tras esta ruptura, rompió las relaciones con su ex-mujer y Sandra. Sandra Ortega Mera está casada con Pablo Gómez.
Se casó posteriormente con Flora Pérez Marcote, empleada en una de sus tiendas, de la cual tuvo una hija llamada Marta(1984). Marta Ortega Pérez se configura como la sucesora del imperio Inditex.
